EUBAM colaborează cu Moldova și Ucraina pentru a armoniza standardele de control la frontieră, vamale și comerciale cu cele din UE și pentru a îmbunătăți cooperarea între agențiile de frontieră și cele vamale, precum și alte organe de aplicare a legii. De asemenea, îi ajută să îndeplinească obligațiile Zonei de Liber Schimb Aprofundat și Cuprinzător (ZLSAC) cu UE, și contribuie la soluționarea pașnică a conflictului transnistrean prin măsuri de consolidare a încrederii și ca prezență de monitorizare.
Lansat în 2005, mandatul Misiunii a fost deja prelungit de cinci ori (în 2007, 2009, 2011, 2015 și 2017), mandatul actual expirând la 30 noiembrie 2020.

Obiectivele misiunii sunt:

- A contribui la procesul de reglementare a diferendului Transnistrean prin sprijinirea măsurilor de consolidare a încrederii și prin apropierea legislației și a procedurilor în domeniul vamal, comercial, al transporturilor și al gestionării transfrontaliere.
- A asigura implementarea completă a practicilor de Management Integrat al Frontierelor la frontiera Republicii Moldova cu Ucraina.
- A acorda asistență autorităților moldovenești și ucrainene pentru a combate mai eficient infracțiunile transfrontaliere.

În faza actuală, EUBAM:
- Consiliază cu privire la apropierea reglementărilor și taxelor vamale între Chișinău și Tiraspol.
- Consultă Chișinăul și Tiraspolul cu privire la simplificarea în continuare a formalităților în comerțul cu mărfuri.
- Aranjează operațiuni comune de combatere a contrabandei între structurile vamale din Chișinău și Tiraspol.
- Promovează cooperarea între Chișinău și Tiraspol pentru a susține siguranța regională a consumatorilor.
- Dezvoltă măsuri de consolidare a încrederii legate de transport în cooperare cu OSCE.
- Sprijină serviciile partenerilor în stabilirea punctelor de trecere a frontierei operate în comun de-a lungul întregii frontiere moldo-ucrainene.
- Asigură implementarea completă a conceptului de ghișeu unic în scopul verificării la punctele de trecere a frontierei.
- Sprijină grupuri mobile inter-agenții bazate pe activități ghidate pe inteligență, în cooperare cu Frontex.
- Acordă asistență la prevenirea, depistarea și investigarea infracțiunilor transfrontaliere.
-Monitorizează implementarea planurilor de acțiune post-liberalizare a regimului de Vize cu UE atât în Moldova, cât și în Ucraina în domeniile de: management al frontierelor, gestionarea migrației, combaterea crimei organizate transfrontaliere și libertatea de circulație a cetățenilor din ambele țări.
- Dezvoltă capacitățile serviciilor partenere privind traficul ilegal de arme, muniții, materiale radiologice și nucleare.
- Planificarea, desfășurarea și evaluarea operațiunilor comune de control la frontieră cu serviciile partenere și în cooperare cu Frontex, Oficiul European Antifraudă (OLAF) și Centrul de Aplicare a Legii din Europa de Sud (SELEC).